Com a trajetória política profundamente ligada à do pai, o ex-presidente Jair Bolsonaro , Flávio começou a carreira pública como o deputado estadual mais jovem do Rio de Janeiro, aos 21 anos. À época, Jair ocupava uma cadeira no Congresso Nacional .
Ficou na Alerj (Assembleia Legislativa do Rio de Janeiro) por quatro mandatos, até ser eleito para o Senado em 2018, quando seu pai foi alçado ao Palácio do Planalto.
No meio do caminho, em 2016, disputou a Prefeitura do Rio pelo PSC. Ficou em quarto lugar no primeiro turno, com 14% dos votos válidos, na eleição vencida por Marcelo Crivella, então no PRB. Até este ano, foi a única derrota eleitoral de sua carreira.
Em sua carreira política, foi investigado por suspeita de "rachadinha" na Alerj, caso que teve provas anuladas pela Justiça, Em 2026, passou a ser investigado em inquérito sobre repasses de dinheiro do banqueiro Daniel Vorcaro , supostamente para financiar " Dark Horse ", filme sobre seu pai.
Neste domingo (25), em seu discurso após a apuração, Flávio afirmou que não reconhece a derrota. Ele credita isso à prorrogação do horário de votação para 19h, fruto de liminar do ministro Cristiano Zanin.
"É impossível reconhecer o resultado das eleições", afirmou Flávio Bolsonaro.
Tanto a campanha petista quanto a de Flávio entraram com pedidos para estender o tempo de votação.
O presidente do TSE (Tribunal Superior Eleitoral), Kassio Nunes Marques , afirmou neste domingo (25), após a confirmação da vitória do presidente Lula ( PT ) que a prorrogação do prazo de fechamento das urnas não causou problemas na totalização dos votos.